小腹隐隐作痛的原因可能有以下几点：1、小肠病变：小肠有炎症性疾病，如克罗恩病、肠结核，就会隐隐作痛。如果有肿瘤性疾病，如间质瘤、淋巴瘤、腺癌等，也会有隐隐作痛，需要做腹部CT检查和消化道造影检查。还有一种小肠疾病就是肠功能紊乱，一般是自主神经功能紊乱所引起，要在排除器质性疾病之后，才能够确定属于功能性疾病，一般需要服用治疗肠功能紊乱的药物进行纠正；2、小腹其他脏器病变：如乙状结肠和直肠有病变，常见的有直肠癌、乙状结肠癌、直肠炎、乙状结肠炎，也就是溃疡性结肠炎，这些病变小腹也有隐隐作痛的表现。对于直肠和结肠疾病，一般首选结肠镜检查，看到底有没有这方面的疾病；3、盆腔其他脏器病变：如膀胱有炎症导致膀胱炎，或者有膀胱肿瘤，都会引起小腹隐隐作痛。女性的子宫、卵巢和输卵管如果有肿瘤、炎症、囊肿，都会有隐隐作痛的情况。需要去妇科做相应的检查，看到底有没有这方面的疾病。