两边肾隐隐作痛的原因，可能和肾外因素、肾性因素等有关，如下所示：1、肾外因素：首先要排查肾外的因素，主要包括附近的关节、肌肉、筋膜的问题，要看这个病人是否有外伤的病史，是否有局部不适的疼痛症状。另外还可以给予经验性的治疗，比如用止痛药或者外用膏药等。如果这个病人有缓解，通常提示不是肾性的原因；2、肾性因素：肾脏是内脏器官，通常感受不到疼痛，能感受到的疼痛就是因为肾脏的包膜受到牵拉或者肾盂受到累及的时候。如果双侧的肾脏都有疼痛，原因往往是全身性的，常见的原因就是肾盂肾炎。肾盂肾炎通常情况下会刺激到肾脏的肾盂，病人会有肾区隐隐作痛。如果有双肾区的隐痛，要注意给病人查尿常规，明确尿中是否有红细胞、白细胞。另外给病人做肾脏的超声和肾脏的CT，以明确肾脏的形态是否有改变，来排查慢性肾盂肾炎；3、其他原因：常见的原因就是小的结石，很多结石往往是双侧发病，小的结石也会引起肾区的隐痛，主要是用超声来鉴别。另外如果膀胱或者前列腺有问题引起肾积水，也会引起双侧肾区的隐痛，此时主要是给病人通过超声来进行排查。