半夜腹痛的原因，根据疼痛部位不同，病因不同。应及时就医诊断，以免延误急腹症的治疗。具体病因分析如下：1、十二指肠溃疡：胃脘部疼痛，在夜间发作，睡眠时疼醒，可能是十二指肠溃疡，球部以及球后的溃疡，可伴有恶心、呕吐等情况；2、胆囊炎发作：右上腹疼痛为主，伴有恶心、呕吐或发热等；3、急性肠胃炎：夜间睡眠中出现脐周的疼痛，同时需上厕所，跑肚、拉稀；4、黄体破裂：同房后出现下腹部疼痛，可局限在一侧；5、宫外孕破裂：不明原因的育龄期女性伴有停经等，出现急剧的腹部的疼痛，尤其是下腹部的疼痛。