小肚子总是隐隐作痛，常见以下原因：一、小肠病变：1、肿瘤：小肠有间质瘤、淋巴瘤或小肠腺癌等，均会引起小肚子隐隐作痛；2、炎性病变：如肠结核、克罗恩病等，也会引起小肚子疼痛；3、小肠功能紊乱：肠功能紊乱时，小肠会有胀痛或阵发性疼痛。二、直肠、乙状结肠病变：1、肿瘤：直肠、乙状结肠有肿瘤，如直肠癌、乙状结肠癌、直肠腺瘤、乙状结肠腺瘤等，均会引起小肚子隐隐作痛；5、炎症：常见的有溃疡性结肠炎，一般会伴随脓血便，每天3-4次，且伴有小腹疼痛感。三、盆腔器官病变：1、膀胱性病变如膀胱肿瘤、膀胱炎症；2、男性前列腺、精囊腺有肿瘤、炎症；3、女性卵巢、子宫有肿瘤、炎症时，小肚子也会出现隐隐作痛情况。