小肚子隐隐作痛的原因较多，常见于以下几种情况：1、肠道疾病：常见的原因是盆腔脏器存在病变，小肚子可能出现疼痛，如果直肠、乙状结肠存在病变，如溃疡性结肠炎，这时可能出现黏液脓血便，伴有小肚子隐痛，通过结肠镜可以检查明确。如果存在直肠癌、直肠腺瘤、乙状结肠癌、乙状结肠腺瘤时，小肚子也会有隐隐作痛的表现。如果小肠出现病变，如炎症性病变，包括克隆恩病、肠结核等，也可能引起小肚子隐隐作痛。如果出现小肠的肠功能紊乱，导致小肠失节律性收缩，这时也会引起小肚子隐隐作痛；2、男科疾病：男性如果有精囊腺炎症、前列腺炎症、膀胱炎症、膀胱肿瘤，小肚子也会隐隐作痛，这时去做彩超，能够排除或者能够进行诊断；3、妇科疾病：女性如果出现子宫肌瘤、宫颈肿瘤，包括宫颈癌、子宫内膜癌、卵巢癌、卵巢囊肿，卵巢其它癌症，输卵管炎、输卵管肿瘤等，也会引起小肚子隐隐作痛，这时可能需要进行妇科彩超或者盆腔磁共振检查，能够明确。