肩胛骨内疼痛的常见原因是肩胛骨肿瘤、肩胛骨骨折等疾病，具体情况如下：1、肩胛骨肿瘤：肩胛骨可以发生原发性的良性骨肿瘤或者转移性的恶性骨肿瘤，均可以导致局部占位，与周围组织发生压迫或者造成骨质破坏，从而引起肩胛骨内疼痛。通过CT扫描通常可以确诊，一般需要采取手术的方法对肿瘤部位进行切除，并结合病理组织学检查明确肿瘤的严重程度；2、肩胛骨骨折：肩胛骨骨质比较菲薄，受到外力作用，很容易发生肩胛骨骨折。肩胛骨骨折会有移位，产生骨膜神经损伤，会引起肩胛骨内部的疼痛，并伴有肿胀、局部塌陷畸形、肩关节活动受限。拍摄CT能够进一步确诊，一般需要进行固定治疗，严重的患者需要采取切开复位内固定手术治疗。综上所述，为明确肩胛骨内疼痛的具体原因，可以咨询骨科门诊医生。专科医生会通过问诊、体格检查、影像学检查结果综合判断，确定病因，尽快为患者制定详细的治疗方案，使疼痛症状彻底消除。