两侧太阳穴疼需要依据具体情况具体分析，具体如下：1、原发性头痛：如偏头疼、紧张性头痛，可以表现为双侧太阳穴疼。同时患者头疼病史较长，3-5年或10年以上间断出现，持续时间较短2-3天，睡觉后自发缓解；2、继发性头痛：可以继发于全身系统性疾病、头颅器质性疾病，如高血压病、发烧、颞动脉炎、脑炎、脑膜炎、肿瘤膜下出血、脑部肿瘤、静脉窦血栓形成等。