手术方法需要根据导致肾积水的疾病来决定，最常见原因为肾盂输尿管连接部狭窄，若为轻度肾积水，可暂时观察。若出现症状及肾脏功能的变化，可采取手术治疗。手术方式包括腔内手术，如输尿管镜，或经皮肾镜、腹腔镜手术或开放手术，将肾盂输尿管连接部狭窄段切除后进行肾盂成形术。 若为腔静脉后输尿管引起肾积水，可进行腹腔镜手术或开放手术，将输尿管离断再吻合，也可达到治疗目的。