巧克力囊肿确实会增加患不孕症的风险，这是由巧克力囊肿自身的性质所决定。巧克力囊肿，实际上是卵巢子宫内膜异位囊肿，从名字上就能够看出，巧克力囊肿属于一种子宫内膜异位到卵巢组织的疾病。众所周知，女性子宫内膜在周期性的卵巢分泌的雌激素、孕激素的作用下，能够出现增殖期、分泌期，继而发生剥脱性出血，形成月经的来潮。如果子宫内膜异位到卵巢的位置，同样也会在卵巢周期性激素水平的刺激之下发生出血。但卵巢部位出血，并没有一个通道能够让血液流出，因此就会导致血液逐渐地沉积在卵巢内部，逐渐地增多，形成了一个囊肿。而且这样的血液随着时间延长，会变得越来越黏稠，颜色会逐渐变成深褐色，这个时候就比较类似于巧克力液。因此，这种卵巢子宫内膜异位囊肿，又被称为巧克力囊肿。这样的卵巢子宫内膜异位囊肿，除了形成异位囊肿之外，还有可能会发生自发性的破裂，反复自发性的破裂，可能会导致周围的一些卵巢脓液和周围的输卵管，或者系膜、大网膜、直肠，以及子宫的后壁相互粘连，形成非常致密的粘连之后，将会导致卵巢排卵之后，没有办法被输卵管及时地捡拾。而且输卵管由于非常严重的粘连，也容易导致蠕动出现困难，这种情况下，也会大大增加巧克力囊肿女性出现异位妊娠或不孕症的风险。但尽管这样的一种风险确实会逐年增加，并不意味着所有的卵巢子宫内膜异位囊肿都患有不孕症。很多女性在发现卵巢巧克力囊肿之前，也就是很早期的时候进行了一些手术治疗，这时还没有发生破溃，也没有发生与周围组织的粘连。这种情况下，对于女性自身的受孕能力并不会造成非常严重的影响。因此，对于处于生育年龄、打算怀孕的女性，一旦考虑可能会有卵巢子宫内膜异位囊肿存在，还是应当尽早怀孕，完成生育功能。