肝脓肿是感染性疾病，以抗感染治疗为主，其次可以进行外科治疗。第一个治疗方案是抗感染，如果是细菌性肝脓肿，就以抗细菌感染为主，如果是阿米巴肝脓肿，就以抗阿米巴治疗为主。肝脓肿多为厌氧菌的混合感染，需两种抗生素联合应用，在抗感染药物治疗的过程中，病变也会逐渐进展，可能脓肿被治愈，或者脓肿进一步发展、发生液化，从炎性包块发展为脓肿，导致肝脏周围出现炎性水肿，中毒症状加重。 如果发生液化，需要进行B超或CT引导下的脓肿穿刺引流，同时穿刺置管，之后每天进行冲洗。脓液清除后，体温也会逐渐下降。如果患者的症状仍无好转，多考虑部分脓肿间有间隔，如蜂窝一样，在穿刺过程中仅穿刺了大腔系，小间隔里的脓肿未引出，导致穿刺效果不佳，患者仍持续出现高烧，需再次手术治疗。手术即为脓肿切开引流，将脓腔间隔去除，同时进行外科引流，也可进行肝脏的部分切除。 目前来讲，多数患者可在穿刺引流、搭配足量抗生素的治疗下得到好转，需手术治疗的患者极少。