要判断是腰疼还是肾疼，实际上是一个比较复杂的过程。肾脏作为内脏器官，很难有明确的界定，即在感到不适时也很难确定是肾脏的问题，要实现100%准确率的判断是很困难的。但肾疼和由腰肌、腰椎或椎间盘突出引起的腰疼通常有一些不同的特点。​由肾脏引起的疼痛通常是单侧明显的，例如如果有肾结石，当结石掉到输尿管时会感到腰疼，实际上是肾脏的疼痛。但这种情况很少发生结石同时掉到两侧输尿管，或者同时有两侧的结石，所以通常肾疼会有明确的分侧，要么在左边，要么在右边。但是腰肌、腰椎引起的疼痛就不同了，经常是中间疼痛，有时类似坐骨神经痛，会放射到大腿后侧。另外一个特点是肾疼与运动关系不大，可能会在半夜感到疼痛，而腰疼在改变体位、弯腰等动作时可能会更明显。