跑步膝盖疼分成生理性疼痛和病理性疼痛，能否自愈需根据具体情况而定。生理性疼痛指过度运动疲劳而产生髌骨滑膜炎，或者轻度髌骨关节磨损在Ⅰ度左右而产生的疼痛，此时由于软骨没有实质性破坏，患者休息后关节炎症可以减少或消失，所以在减少跑步次数、频率、距离后可以自愈。如果软骨磨损或者半月板损伤已经达到一定的程度，如半月板已经出现撕裂等情况，则不具备自愈能力。当患者出现跑步膝盖疼痛之后，可以停跑一段时间，如果停跑过程中疼痛消失，不再产生，则说明可以自愈。如果患者再次跑步或者一段时间之后，仍然存在膝关节疼痛感觉，建议到专业医院进行核磁检查，通过核磁可以明确是否有半月板损伤、韧带损伤或者软骨磨损，有损伤时可能需要进一步诊治。