小肚子和腰痛的原因主要如下：1、盆腔炎：已婚已育的女性尤其易患慢性盆腔炎，炎性沿着盆腔两侧蔓延、迁延，可造成小肚子和腰痛，此时应就诊于妇科，但男性发生盆腔炎的概率较小；2、月经期：有一定的子宫充血、子宫内膜脱落，可造成盆腔的应激反应，出现小肚子和腰痛，通常需进行保暖、休息等；3、盆腔占位性病变：如盆腔肿瘤、骶前肿瘤或盆腔腹膜后肿瘤，侵犯脊髓神经根时也会造成小肚子和腰痛，此时应行腹部CT检查，并做相应治疗，必要时需进行手术治疗；4、自主神经功能紊乱：通常在排除器质性疾病后可考虑自主神经功能紊乱导致的小肚子和腰痛，应针对性给予药物治疗，通常有一定作用。