小腿肌肉酸痛的主要原因包括运动损伤、神经损伤、血管原因以及药物因素，具体如下：1、运动损伤：常由于剧烈体育活动，造成肌纤维微小撕裂伴微小出血，导致关节、肌肉酸胀、疼痛，夜间疼痛明显。可以适当进行理疗、热敷，可以通过热效应促进血液循环，从而改善肌肉血运，能够减轻疼痛与肿胀；2、神经损伤：由于腰椎间盘突出症或腰椎管狭窄症造成神经根损伤，导致小腿肌肉酸痛，支配此区域神经功能障碍导致。需要及时治疗，避免症状加重，多进行保护脊柱的功能锻炼；3、血管源性：由于下肢血管源性原因，如静脉瓣关闭不全、下肢深静脉血栓形成或动脉闭塞，造成肌肉血供不足，引起小腿肌肉酸痛。需要在血管外科进行诊断与治疗；4、药物因素：由于老年人服用他汀类药物降低血脂及胆固醇，从而出现横纹肌损伤。停止服药通常疼痛可以自行缓解。