卡氏孢子虫肺炎是由卡氏肺孢子虫引起的肺部感染性疾病，是一种机会性感染性疾病，治疗首选的药物是复方磺胺甲恶唑。复方磺胺甲恶唑中含有的成分是甲氧苄氨嘧啶和磺胺甲恶唑，除了选择复方的制剂，也可以选择甲氧苄氨嘧啶和磺胺甲恶唑的单药。如果对复方磺胺甲恶唑不耐受或者不敏感、耐药，可以选择氨苯酚或者甲氧苄氨嘧啶加氨苯酚，另外棘菌素类的抗真菌药对卡氏孢子虫肺炎也有良好的疗效，如卡泊芬净。除了对病原体的治疗还要积极地治疗原发病，且由于糖皮质激素可以减低炎症反应，故还可以在急性期应用糖皮质激素进行治疗。