早上起床小腹痛，主要有以下几种原因：1、肠功能紊乱：表现为便前腹痛、便后缓解；2、泌尿系感染：如果伴有尿频、尿急、尿痛等，要考虑泌尿系感染；3、妇科炎症：女性如果有外阴瘙痒，或者分泌物增多等情况，就要考虑是否有阴道炎、盆腔炎等情况。对于上述原因，我们应该进行相应的检查。比如肠镜检查、小便常规检查、腹部B超检查等，帮助明确病因，进行相应的干预。如泌尿系感染的患者，要多饮水、抗炎治疗缓解病情。若是妇科炎症，除用药外，还要注意养成良好的卫生习惯，避免造成感染。肠道的炎症，如肠息肉、肠溃疡、糜烂、肿瘤等，通过肠镜明确诊断，进行相应的治疗和干预。