早晨起床后出现小腹疼痛原因较多，常见如下所示：1、膀胱过度充盈：如果患者早起膀胱过度充盈，可能导致小腹疼痛、憋胀，排出小便后疼痛可持续一段时间，因膀胱未完全恢复；2、植物神经功能紊乱：可能早起后肠道出现痉挛性收缩，正常人体小肠蠕动为3-5次/分，肠鸣音也为3-5次/分，但肠道功能紊乱时可能收缩频率较高，达到7-8次/分甚至10次/分，可引起小腹疼痛，此时口服缓解痉挛药物，如得舒特、援生力维等，可缓解疼痛；3、其他疾病：可能存在小肠器质性病变，如小肠肿瘤、炎症，男性需要观察患者是否存在前列腺、精囊腺、膀胱等疾病，女性是否存在双侧附件，如卵巢、输卵管、子宫等疾病，此时需要到相应科室就诊，如妇科、泌尿外科、普通外科等进行相应检查。