甲胎蛋白异质体目前临床上主要用于检测被监测者是否患有一些肿瘤疾病，主要是为了评估原发性肝癌等疾病，与甲胎蛋白异质体之间的关系。甲胎蛋白异质体是从甲胎蛋白衍生而来的蛋白质结构，是存在差异的一些蛋白物质，这种蛋白物质在正常情况下处于阴性状态。而在一些疾病人群中如原发性肝癌的患者，常会出现这项指标的阳性结果。临床上，可以根据这项指标的阳性结果，提示一些肿瘤疾病的存在，可以作为原发性肝癌的临床辅助诊断指标，并且也可以用于评估患者的病情发展情况。除此之外，甲胎蛋白异质体的指标变化，还可以通过不同类型的指标变化，判断是肿瘤引起的指标异常，还是其他良性病变引起。