3岁宝宝反复咳嗽，除止咳、化痰的对症处理外，更重要的是明确反复咳嗽原因，对因治疗，具体如下：1、耐药细菌感染：如果普通抗感染治疗无效，咳嗽有痰，特别是脓痰，可以进行痰培养检测。如果考虑耐药菌感染，可以根据药敏选用敏感抗生素，进行足疗程抗细菌感染治疗；2、支原体、衣原体感染：可以进行支原体、衣原体检测，选用大环内酯类药物治疗；3、真菌感染：进行真菌培养如真菌G试验、GM试验等，选用敏感的抗真菌药物治疗；4、非感染原因：3岁宝宝出现干咳为主，特别是晨起干咳，或者夜间凌晨干咳，或者活动后干咳，要考虑咳嗽变异性哮喘或者过敏性咳嗽，可给予相应抗哮喘、抗过敏治疗。