如果查体发现肾囊肿，而且囊肿直径达到5-6cm，是否需要手术需要根据实际情况来判断，具体如下：1、单纯性囊肿：如果这个囊肿在肾脏是单纯性的囊肿，也就是单个囊肿，而不是多个囊肿，需要做B超来确认囊肿的性质。如果B超确认是1级或者2级就需要做穿刺抽液处理，如果是2F级、3级或者4级需要做肾脏强化CT，来确认囊肿是否存在恶性病变的可能。如果强化CT的值升高15个HU以上，就说明存在恶性病变的可能，需要做泌尿外科手术来切除囊肿；2、多发性肾脏囊肿：如果肾脏囊肿不是单纯性肾脏囊肿，也就是囊肿是多发性肾脏囊肿或者多囊肾，是否进行手术需要根据实际情况来判断。如果是多发性肾脏囊肿，跟单发性肾脏囊肿处理方式一样；3、多囊肾：不主张进行手术，也不主张进行穿刺抽液处理，因为多囊肾的患者如果进行穿刺或者做手术，有可能引起感染、出血，从而使疾病迁延不愈，有可能造成血压的升高或者血中肌酐的升高，不利于疾病的恢复。