头顶上隐隐作痛的原因，主要表现在以下方面：1、局部问题：头顶上隐隐作痛首先需要排除是不是存在局部问题，比如局部的毛囊炎或者创伤等问题，都可以导致头顶的头皮疼痛；2、功能障碍：需要排除功能性的问题，有些隐隐的作痛，如果持续时间不长，偶尔出现很快缓解，有可能是短暂性的功能障碍。如果是这种情况，也不需要太关注或者是不用管，会逐渐恢复；3、枕神经痛：需要排除是不是存在枕神经痛。枕神经痛最主要的疼痛部位是后枕部，也就是后脑勺位置，但是有一部分病人可能会表现为头顶部疼痛，有些疼痛程度比较重，但也有一部分可能疼痛程度比较轻，就是隐痛。枕神经痛的特点是发作性或者阵发性，每次持续数分钟或者几秒钟很快缓解，接着后面再出现疼痛。如果有枕神经痛的疼痛特点，也需要排除是不是枕神经痛的可能；4、颅内疾病：需要排除是不是存在颅内相关的问题，完善头颅磁共振检查，排除颅内是不是存在器质性病变的可能，如果没有器质性病变，还是考虑前三种可能。