熬夜以后两边肾有点痛的原因需要区分不同的器官和组织造成的异常，因为肾区不但有肾脏，还有皮肤、腰肌、骨骼、皮肤，也会出现异常，如蚊虫叮咬、蜂窝组织炎、带状疱疹，也可出现不适感觉或疼痛感觉，但熬夜时出现以上情况的可能性不大，因此熬夜两边肾有点痛的原因一般如下：1、腰椎问题：腰肌出现异常常见于腰肌劳损，熬夜时可能加重。熬夜时出现腰肌劳损，造成腰部不适、腰部疼痛的可能性比较大，另外椎间盘突出和骨质增生在熬夜、体位改变时也可能加重；2、肾脏问题：肾脏病变需排除皮肤、肌肉、骨骼病变之后才能确定，肾脏出现感染、结石、出血、积血的情况，在熬夜特别是劳累以后容易发作，从而引起双侧肾脏出现疼痛的感觉。在所有的引起腰部疼痛的原因当中，腰肌劳损、椎间盘突出、骨质增生的可能性最大，尤其是椎间盘突出和腰肌劳损，在熬夜特别是劳累以后的发病率较高。