龟头内口疼痛的常见原因如下：1、尿道炎：患者发生尿道炎时，由于感染性致病菌刺激尿道黏膜，导致黏膜水肿、糜烂，引起黏膜破损，在排尿时可刺激尿道黏膜，出现尿道外口疼痛现象；2、阴茎后尿道结石：由于结石嵌顿在后尿道，出现龟头内口处尿道黏膜放射性疼痛症状。输尿管下段结石患者，由于结石刺激输尿管黏膜，引起黏膜痉挛性疼痛，患者会出现局部疼痛症状并会向会阴部放射，引起睾丸与阴茎疼痛，部分患者也会出现尿道口疼痛现象。出现龟头尿道口疼痛症状时，应及时到泌尿外科就医，通过检测尿道口分泌物明确具体病因。