自身免疫系统对体内细胞通常没有杀伤性作用，如果患了自身免疫性疾病以后，自身免疫系统对免疫细胞就会产生错判，认为是外来细胞，要进行破坏。针对肝细胞叫做自身免疫性肝，针对胆管上皮细胞叫做原发性胆汁性肝硬化或者原发性硬化性胆管炎。 自身免疫性疾病常见于女性，常使用免疫抑制剂、激素进行治疗，必要时还要用熊去氧胆酸治疗。治疗过程中时间很漫长，此种疾病治起来比较困难，治愈率也比较低，但大多数人都能够得到控制病情，严重者也可以考虑进行肝移植手术。