化脓性关节炎主要致病菌包括两大类，一类是革兰氏阳性菌，另一类是革兰氏阴性菌。其中以革兰氏阳性菌出现的化脓性关节炎最多，包括常见的金黄色葡萄球菌、链球菌和普通的葡萄球菌、表皮葡萄球菌等，都会导致化脓性关节炎。另外，革兰氏阴性菌在上述情况下，也可以引起化脓性关节炎，包括大肠杆菌、阴沟肠杆菌等。另外不同的关节部位，化脓性关节炎主要感染的致病菌也不一样，比如肩关节，其化脓性感染还包括痤疮丙酸杆菌等。所以在诊断化脓性关节炎时，首先会区分是革兰氏阳性菌还是阴性菌。绝大多数情况下是身体表面、皮肤表面已经存在的细菌导致关节化脓性感染，但具体细菌要根据细菌培养的结果明确。