乙肝抗病毒治疗包括干扰素、口服药物即核苷类药物。干扰素包括长效干扰素与普通干扰素，副作用较大，常见发烧、乏力、肌肉酸痛等流感样症状。干扰素还可以造成骨髓一过性抑制，引起白细胞、血小板下降。其它较少见副作用为抑郁、精神障碍、间质性肺炎、肾病等。 口服核苷酸药物副作用相对较小，常见副作用为肾脏副作用，可以引起低磷、低钙血症，导致骨质破坏，所以口服核苷类药物的患者需定期检查肝肾功能。