布加综合征属于进行性损害，如不治疗无法自愈，预后较差，自然病程取决于布加综合征的病变部位、性质、范围以及严重程度。如肝段下腔静脉阻塞者，病程相对较长，肝静脉段阻塞者，发病快、病程短，如为急性发作的布加综合征，病程更短，严重者数周内即可死亡，亚急性、慢性患者，病情发展缓慢，病程可以持续十年，甚至数十年，可引起淤血性肝硬化、肝功能衰竭、肝性脑病、肝肾综合征以及肝昏迷，严重者可并发肝癌。