运动后耳朵出现疼痛的原因主要包括以下几种：1、缺乏锻炼：平时不经常运动，耳朵不适应突然出现的剧烈运动，进而出现耳朵疼痛。也可能由于剧烈运动造成耳部血液循环增加，血管充盈引起耳部的神经出现刺激性跳动；2、中耳炎发作：如果本身存在慢性中耳炎，在平时没有发作，经过剧烈运动后，由于比较干燥，可能会造成急性中耳炎的发作。此时需要检查耳膜及耳道是否有充血或有急性炎症的表现，如果存在则需要局部使用滴耳液，并通过口服抗生素控制症状。