小便时尿道突然刺痛的原因如下：1、常见原因：多数发生在尿道炎、下尿路感染、膀胱炎时，当下尿路或者尿道受到细菌、真菌、支原体、衣原体等病原体感染时，炎症刺激会引起局部黏膜的敏感性增高，会感觉到疼痛。尤其是当有尿通过这些黏膜时，刺激会放大，所以会感觉到突然的刺痛，这是比较常见的原因；2、相对较少见的原因：比如泌尿系结石，当结石在后尿道或者尿道里时想排尿，尿液通过不畅，或者尿液经过结石划伤的黏膜时，也会感觉到有刺痛的感觉。除了上述两种情况比较常见以外，有时可能泌尿系并没有炎症、结石等疾病，有时也会感觉到刺痛，一般考虑神经放射性疼痛，这种情况的发生没有太多的规律，不会太稳定、频繁。