肩胛骨中间的区域，是由肌肉、筋膜、韧带和皮下软组织所构成，早上起来时该部位疼痛，常见原因如下：1、外伤：如果患者前晚或前几天存在高强度的体育锻炼，并心造成该部位的肌肉、韧带、软组织的损伤等，在没有完全修复时，可能会在早上起床时出现局部疼痛，通常由于局部的创伤性反应未完全消退所导致；2、局部无菌炎症：如果患者有长期慢性劳损，如长时间低头工作、长时间肩背部的用力活动，或受凉等其它外界的刺激所引起，诱发局部的无菌性炎症反应，常见于肩胛肋骨综合征，即肩胛骨中间区域的软组织无菌性炎症反应，表现为局部肿胀、疼痛、活动受限。但也不排除长期慢性损伤后，造成局部软组织出现异常钙盐沉积，即钙化，从而诱发局部的疼痛、活动受限；3、骨性病变：肩胛骨中间区域是胸椎所在的区域，如果胸椎出现病变，如胸椎结核、胸椎不稳、椎体滑脱、骨质增生、胸椎管狭窄，甚至胸椎的占位性病变等，也会诱发肩胛骨中间区域骨质的疼痛。综上所述，导致肩胛骨中间疼痛的原因较多，也较复杂。如果出现该情况，建议患者及时到外科，尤其是骨科就诊，通过专业医生的检查，并配合辅助检查明确诊断，针对性进行治疗。