肛周脓肿手术后会变成肛瘘。因为绝大部分肛瘘都是由于肛周脓肿手术引流或者自行破溃以后形成，瘘口自己不能愈合，这是肛门周围的皮肤和直肠内相连通的窦道，有外口和内口，所以就形成了肛瘘。肛周脓肿一般都是由于肛周的肛门腺或者其它原因引起的感染，形成了肛门周围脓肿。脓肿如果不能自行破溃，经过医生做过引流以后，脓液会得到充分的引流。但是外口和内口相连通，持续的不愈合以后，里面会有炎症或者粪便，分泌物从外孔流出，长此以往就形成肛瘘。肛瘘和肛周脓肿之间的发病有一定的关系，也可以说是疾病的不同发病阶段，所以肛周脓肿手术以后是会变成肛瘘，而且绝大部分肛瘘都是由于肛周脓肿破溃或者手术以后形成。