男性小便疼痛的原因有以下几种：1、炎症：尿道炎症包括尿道炎、膀胱炎等可以造成小便疼痛，患者排尿时有疼痛感或者烧灼感，这是因为炎症对尿道黏膜和膀胱黏膜的刺激，导致尿道对尿液过于敏感；2、尿道结构异常：比如尿道狭窄，导致排尿不通畅，狭窄伴发炎症也可以导致小便疼痛；3、尿道结石：尿道结石刺激尿道黏膜，导致患者出现疼痛症状，或者排尿时尿液受阻，导致尿道痉挛，产生疼痛。男性小便疼痛的原因较多，需要到医院做进一步的检查明确病因。