首先要根据自身的临床症状，其次再结合辅助检查来排除其他科室的基础疾病。通常出现植物神经功能紊乱都会有比较典型的神经系统的症状或体征，主要是症状，如有明显的长期精神紧张、压力、焦虑或抑郁等性格或情绪存在，又经常伴有头痛、失眠、记忆力下降、心烦等神经失调的临床表现。如果患者又合并有其他系统的临床表现如心脏、消化、内分泌以及生殖系统，合并心脏系统的临床表现有心慌、胸闷、心律不齐或心脏的疼痛，合并消化系统的临床表现有便秘、腹泻、消化不良或腹痛。合并代谢系统的临床表现有经常浑身发麻、阵发性发热、出汗、周身的疼痛，合并生殖系统的临床表现有月经不调或男性早泄等。进行很多相关检查后查不出来，如做心内科、心电图、消化科胃镜等等检查后排除了其他的疾病，这时就要高度怀疑是神经内科常见的植物神经功能紊乱，因此植物神经功能紊乱的检查主要靠排除检查和主要临床症状的特点来诊断。