甲胎蛋白是原发性肝癌重要的、主要的肿瘤标记物之一，但是并不是每一个原发性肝癌的病人甲胎蛋白都会高，大概60%-70%的肝癌病人甲胎蛋白可以升高，升高程度因每个病人而异，与其肿瘤的大小以及病期有一定相关性，即肿瘤越大，甲胎蛋白会更高一些，病期越晚，甲胎蛋白更高一些，但也不是绝对的。有一些肝癌早期病人的肿瘤体积很正常，病灶大小为1cm或2cm，但甲胎蛋白可以很高，甚至可能达几万，所以甲胎蛋白的高低并不绝对。30%-40%的肝癌病人甲胎蛋白不高，此时需借助影像学手段进行诊断。因此甲胎蛋白指标只能筛选一部分肝癌病人，临床部分病人甲胎蛋白正常，患者不认为自身患有肝癌，此时需借助影像学手段及其他生化指标，包括新的肿瘤标记物等进行综合分析。