巧克力囊肿一般是指卵巢巧克力囊肿，可不可以慢跑主要与囊肿直径有关。具体如下：1、可以慢跑：卵巢巧克力囊肿如果直径没有>4cm，平时没有出现局部的疼痛症状的情况下，可以考虑慢跑，对其囊肿本身不会造成影响；2、不可以慢跑：卵巢巧克力囊肿如果直径>4cm，具有一定重量，在跑步过程中可能会导致囊肿蒂部出现扭转的现象，会引起病人出现突然下腹部剧烈的疼痛，并且伴有大汗或者出现血压降低的现象。另外，还会出现恶心、呕吐等临床症状，需要急诊手术进行治疗。卵巢巧克力囊肿要注意定期复查，如果没有手术指征可以考虑保守治疗，如唯散宁(地诺孕素片)、盐酸曲普瑞林等，都能达到很好的控制囊肿增大的效果。如果有手术指征建议积极手术治疗，否则随着囊肿的增大、局部压力增高，有可能会导致囊肿破裂，造成严重的临床后果。