小腹两侧隐隐作痛主要有以下几方面的原因：1、消化系统疾病：若时间较短，是否存在急性肠炎或者慢性肠炎，或因胃肠功能相对紊乱而导致的小腹两侧隐痛。当然需要进一步检查，以排除是否腹腔内，如结肠、直肠是否有肿瘤的可能；2、泌尿系统疾病：如泌尿系统结石或泌尿系感染，或者泌尿系统或输尿管、膀胱出现肿瘤；3、妇科疾病：如女性是否患有盆腔炎、妇科肿瘤，或像妇科急症，如卵巢蒂扭转等这类急症的发生。所以小腹两侧隐隐作痛，先考虑这些症状，部分像炎症的，可以进行对症处理，若不见好转，还是建议到医院去做明确诊断。