男性小腹隐隐作痛的原因比较多，通常需要若干学科进行综合的分析和排查，才能准确的找到病因，需要重点考虑以下几个原因：1、慢性前列腺炎：多见于中青年男性，而且因为工作习惯和生活习惯，长期有久坐的情况，病人除了隐痛症状之外，可能还会有尿道滴白、尿频、尿急等；2、 泌尿系统疾病：考虑是否有输尿管中下段结石，虽然多数输尿管结石患者，会有强烈的绞痛症状。但是确实有部分结石患者，由于结石完全滞留和固定在输尿管某个部位，这个时候，疼痛症状不典型，反而表现为隐痛，一定要重视，不能轻易忽略对于结石的诊断；3、恶性肿瘤：也比较常见，大部分恶性肿瘤，在早期的时候症状不典型，比如输尿管癌、膀胱癌等，如果出现了局部播散、侵犯、进展，可能会表现为肉眼血尿的症状；4、外科疾病：比如慢性阑尾炎、肠痉挛、早期肠梗阻、胃溃疡、肠溃疡穿孔等；5、消化系统内科疾病：有些病人长期便秘，顽固性便秘粪块瘀滞、堆积，所以出现下腹隐痛，这种情况也很常见；6、其他：比如溃疡性结肠炎、克罗恩病等，都有可能会出现内科性的隐痛症状。