男性小腹隐隐作痛的原因具体如下：1、盆腔脏器的器质性病变：如小肠病变，常见的有肠结核、克罗恩病等，还有小肠的肿瘤，如间质瘤、小肠癌等。除此之外还要考虑左下腹的乙状结肠和直肠病变，如溃疡性结肠炎、乙状结肠癌、直肠癌或腺瘤、乙状结肠憩室炎等，都会导致小腹隐隐作痛；2、盆腔疾病：男性盆腔中的器官有膀胱、精囊腺、前列腺，如果发生病变，如精囊腺炎、前列腺炎、前列腺的肿瘤、前列腺癌、膀胱肿瘤以及膀胱癌等，也会引起下腹的隐隐作痛；3、肠功能紊乱：此时服用纠正肠功能紊乱的药物，一般都会取得不错的效果。