肾盂肾炎最常见的致病菌，就是大肠埃希菌，又称为大肠杆菌。因为尿路感染最常见的细菌就是大肠埃希菌，大肠埃希菌有些有刚毛，刚毛就可以帮助它附着在输尿管上，然后逐渐侵入肾盂，细菌数量多的时候，细菌繁殖就可以导致肾盂肾炎的发生。大肠埃希菌沿着尿流逆行上去，还有局部蔓延，肾周的炎症向肾脏蔓延，这个时候病人就会出现肾盂肾炎。同时大肠埃希菌可以经过血行播散到达肾盂，导致肾盂肾炎。还可以通过淋巴道到达肾盂，出现肾盂肾炎。常见的细菌除了大肠埃希菌以外，另外肺炎克雷伯菌、变形杆菌、铜绿假单胞菌也可以导致肾盂肾炎，都是常见的肾盂肾炎细菌。但是后面几个往往见于院内感染，而大肠埃希菌，院内感染和社区感染都有可能。