亚急性感染性心内膜炎常见的病原体，和急性感染性心内膜炎常见的病原体不一样。亚急性感染性心内膜炎常见的病原体是草绿色链球菌，而急性感染性心内膜炎常见的病原体是金黄色葡萄球菌，两种细菌在侵袭力、致病力，以及毒力方面是有所差异。亚急性感染性心内膜炎的常见病原体草绿色链球菌，致病力弱于金黄色葡萄球菌。当血液循环中的草绿色链球菌随着血液循环，定殖在病变的心脏瓣膜上的时候，通常会形成一些赘生物。当这些赘生物脱落的时候，可以随着血液循环定殖在重要脏器上，比如这些赘生物包含病原菌草绿色链球菌，如果定殖在肝脏上，通常会导致肝脓肿。如果定殖在脾脏上，也会导致脾脓肿，如果定殖在脑实质上，会导致脑脓肿。