青少年跑步肾疼，常见于以下几种原因：1、肾下垂：最常见的原因是肾下垂，跑步肾脏向下垂，引起输尿管排尿不通畅，引起输尿管梗阻，引起肾积水，就会引起肾疼。体型瘦的情况下，肾下垂的发生几率比较高；2、肾结石：如果泌尿系有结石，跑步以后石头滑动，刺激了肾盂黏膜，或者是堵塞了输尿管肾盂交接口的开口，就会引起肾积水，导致肾区疼痛；3、腰肌问题：腰肌受损，跑步以后，腰肌如果活动量过大，也会局部疼痛。总而言之，出现跑步肾疼，要查一下尿，做一个肾脏泌尿系B超，了解是否有肾积水，尿里面是否有红细胞，了解是否有肾下垂。在站立状态下做B超，能够了解肾脏的活动的幅度，判断是否由肾下垂引起。如果有肾下垂，要针对肾下垂进行治疗。如果是腰肌疼痛，可以用按摩的方法治疗。如果有石头，尽量将石头进行彻底治疗。