同房后肾区疼痛，主要原因包括泌尿系统感染、肾脏疾病以及妇科疾病等，具体如下：1、泌尿系统感染：较常见，可表现为腰部的胀痛以及同房后肾区疼痛。同房是造成泌尿系感染的风险因素，在此风险因素影响下，若患者本身的免疫力低下，且没有多喝水，则易发生泌尿系感染，导致同房后肾区疼痛；2、结石：较少见，若患者本身患有肾结石，且同房时运动较剧烈，可出现肾结石掉进输尿管内，导致同侧的肾区疼痛；3、妇科疾病：如黄体囊肿或其他疾病，亦可在同房后导致局部疼痛。