小腿肚疼的原因有以下几方面：1、生理性因素：如果前1天跑步或进行剧烈锻炼，第2天早晨小腿肚子可能会出现疼痛，是由于局部乳酸堆积，刺激小腿肌肉引起，属于生理性表现，多喝水并适当按摩、休息能够缓解；2、病理性因素：如果小腿肚子感觉胀，甚至出现酸、麻、疼痛，通常由于腰椎间盘突出引起，由于小腿，尤其小腿后外侧，神经来自于腰椎，如果出现腰椎间盘突出，压迫坐骨神经表现为小腿肚子疼痛，甚至伴有麻木，出现放射样、牵扯样不适，需要进行腰椎间盘治疗。患者可就诊于看脊柱外科，由脊柱外科医生判断是否存在腰椎间盘突出，需要进行腰椎CT或核磁共振检查。