女生小腿骨头疼的原因如下：1、无菌性炎症：长期不运动，突然跑步、旅游，活动过多后，导致小腿骨头上肌肉附着点出现劳损性、疲劳性炎症，从而导致小腿骨头出现疼痛；2、腰椎间盘突出：腰椎间盘突出、椎管狭窄压迫神经，导致小腿神经受压后引起骨头疼痛；3、骨关节病：严重的膝关节骨关节病、髋关节严重病变、踝关节严重病变、类风湿性关节炎等等也会引起小腿骨头疼；4、小腿本身疾病：小腿骨头如果出现原发性病变，比如骨髓炎，骨头内出现原发性骨肿瘤、继发性骨肿瘤，也会导致小腿骨头疼痛，疲劳骨折等罕见病变也会引起小腿骨头疼痛。