半夜肛门里坠痛醒来的原因可能有以下几个方面：1、肛周或者直肠壁有脓肿：有脓肿局部就会有疼痛，这样就会有坠痛，由于疼痛的刺激可能会影响睡眠，这是最有可能的一个原因；2、有肛管和直肠的炎症：比如有肛窦炎、直肠炎等等，由于炎性刺激也会引起肛门的坠痛；3、盆腔病变：比如男性的前列腺炎，女性宫颈炎、盆腔炎，或者盆腔肿瘤，比如直肠肿瘤、前列腺肿瘤、妇科子宫肿瘤等，也可能会引起肛门坠痛；4、其它因素：除了器质性因素之外，还有其它，比如精神、心理因素，其实是一种感觉，本身并不是因为疼痛而醒来，也有可能是由于失眠、焦虑、抑郁而引起的感觉。