肠道菌群的检测主要是通过大便的化验进行检测，比较简便，就是对肠道菌群进行染色，在显微镜下分析杆菌和球菌大致的量和比例，这是粗略的半定量的方法。也有一些比较先进进行菌群内比较复杂的检测方法。主要是分子生物学的方法，同普通的大便化验相比更精确，但是因为这种方法比较复杂、技术比较精密、费用比较昂贵，临床意义目前不是特别的肯定，所以在临床上使用的并不太多。检测方法同样是通过大便进行化验，或者在肠镜下取一些黏膜进行分子生物学的检测，可以更精确的检测出特殊细菌种类的含量，比如双歧杆菌的含量、乳酸杆菌的含量。