怀孕6周有卵巢囊肿的处理措施，需要根据具体的性质决定，具体如下：1、如果无回声、直径<5cm，有可能是妊娠引起的生理性囊肿，如黄体囊肿、黄素化囊肿等。随着妊娠进展及结束，囊肿就会消失；2、如果妊娠前已经存在囊肿，而且已经持续一段时间，如畸胎瘤等。如果确需手术，建议在妊娠3个月左右手术。如果在妊娠早期手术，容易发生流产，在妊娠晚期手术会由于暴露不易，手术困难程度增加；3、如果囊肿性质不确定，必要时还需查肿瘤标志物，如果高度怀疑恶性，就需要以母亲为主，终止妊娠后及早进行卵巢肿瘤手术，确保母亲安全。