后脑两侧疼痛的原因如下：1、头颅问题：后脑部位是小脑、脑干、血管环存在的部位，如果罹患占位性病变或者血管性病变，患者出现后脑两边疼痛症状，建议进行头颅核磁共振检查，以及头颅血管的相关检查，明确是否存在器质性病变，有高血压冠状动脉硬化的患者需特别注意；2、颈源性头痛：目前颈椎病发病率较高，颈椎退变、曲度变直、颈椎小关节病变、颈肩部肌肉紧张和痉挛等均会刺激颈神经产生疼痛。表现为后脑两侧疼痛或整个头颅疼痛，建议进行颈椎核磁共振检查，排除颈椎部位器质性病变，如明确为椎体病变或延髓病变后，需进行颈神经阻滞治疗；3、睡眠不足：后脑两边疼痛还可能由于睡眠不足导致。