巧克力囊肿，又称为子宫内膜异位囊肿，会影响怀孕。巧克力囊肿是指子宫内膜种植到卵巢中，子宫内膜正常应该是种植在子宫腔里。如果子宫内膜种植到卵巢里，在卵巢里就会像月经前正常的子宫内膜样增厚，甚至出血，囊肿破裂以后流出来的液体像巧克力的颜色，实际是陈旧性积血。子宫内膜异位症影响怀孕主要是因为会影响卵巢功能，影响卵巢排卵。子宫内膜不仅可能会种植在卵巢内，也可能种植在盆腔其它部位，会导致输卵管扭曲、变形。输卵管是用来运送卵子和受精卵，输卵管变形，会导致输卵管功能异常，此外还会释放炎性因子，干扰受精过程。所以有巧克力囊肿的患者容易合并不孕症，但是怀孕对治疗巧克力囊肿有利，所以建议巧克力囊肿患者尽早备孕。如果怀孕有困难，可以寻求辅助生育技术的帮助。