男性小腹两侧隐隐作痛的原因，可能有以下几点：1、小腹两侧器官疾病：常见于结肠和直肠病变，由于结肠和直肠广泛分布于腹腔内，小腹两侧也会有，常见疾病为溃疡性结肠炎。由于溃疡性结肠炎可以发生于直肠、乙状结肠、降结肠、横结肠、升结肠，这时可能有小腹两侧隐隐作痛感。这种情况一般需要进行结肠镜检查，观察是否存在结肠炎的表现；2、自主神经功能紊乱：可引起肠功能紊乱，从而导致腹部的隐隐作痛。这种情况，一般需要在排除器质性疾病后，给予纠正肠功能紊乱的药物，以及补充益生菌。一般经过1个月的治疗，症状可以得到缓解；3、小肠病变：小肠广泛分布于腹腔内，可存在弥漫性病变，如小肠的肠结核、克罗恩病，以及其他特异炎症，或非特异炎症时，也有可能会引起小腹两侧的疼痛。这种情况下，一般可以进行消化道造影，或小肠镜的检查，以便明确诊断。